以下過去問と行手法3条3項の適用の関係性について理解不足なの…

以下過去問と行手法3条3項の適用の関係性について理解不足なので質問させていただきます。


【平成30年 予備第17問 イ】
何人においても，建築基準法に基づく違反建築物の除却命令をする権限を有する市町村長に対し，行政手続法の規定により，違反建築物の除却を促す行政指導を求める申出をすることが認められているが，違反建築物の除却命令を求める申出をすることは認められていない。

【解答】
法令に違反する事実がある場合に、その是正のために処分・行政指導をすることを求めることができる旨の規定（行手法36条の3）は、地方公共団体の機関がする行政指導については適用されず、法律に基づく処分については適用されます（行手法3条3項）。そのため、行手法上、記述イのような行政指導を求める申出をすることは認められていませんが、記述イのような除却命令を求める申出をすることは認められています。


上の解説を踏まえて要点を整理しました。
地方公共団体の機関がする行政指導については、「法律に基づく処分、基づかない処分を問わず適用が除外」となり、
違反建築物の除却命令を求める申出をすることは、「法律に基づく処分については適用される」
ここまでは理解できた？と思うのですが、
行手法3条3項「地方公共団体の機関が命令等を定める行為については、次章から第6章までの規定は、適用しない。」が、
”除却命令を求める申出”と”地方公共団体の機関が命令等を定める行為”、
”法律に基づく処分については適用される”と”次章から第6章までの規定は、適用しない”との関係でいまいち整理できずにいます。

3条3項の解釈については、”法律に基づく処分以外”の「地方公共団体の機関が命令等を定める行為については、次章から第6章までの規定は、適用しない。」という認識でよいのでしょうか。

またここで疑問が生じるのですが、行手法3条2項4号では
”次に掲げる命令等を定める行為については、第6章の規定は、適用しない。
四　法律の規定に基づき施設、区間、地域その他これらに類するものを指定する命令又は規則”
とあるように、法律に基づく処分についても適用しない旨が記載されているように思います。（そもそも筋違いでしたら申し訳ありません）

上記を踏まえた上で整理し直すと、
第6章の行手法3条2項4号に当てはまるもの以外の、地方公共団体の機関が命令等を定める行為については、次章から第6章までの規定は、”法律に基づく処分については適用される”
という解釈でよいのでしょうか。


”除却命令を求める申出”を”地方公共団体の機関が命令等を定める行為”と捉えたことや、
”法律に基づく処分については適用される”と”次章から第6章までの規定は、適用しない”との文言から混乱して、整理できなくなっているのかなと思います。
知識が散らばっているかつ苦手な分野なので上手く整理ができずに困っています。

ぼやけた質問で申し訳ありませんが、可能な限りでのご回答をよろしくお願いいたします。