特許法104条の4では、どうして異議申し立てによる取り消し決…

特許法104条の4では、どうして異議申し立てによる取り消し決定の主張は制限されないのでしょうか？
異議申し立てが可能な期間は、公報掲載後の6ヶ月の短い期間ではありますが、それまでに補償金請求権権に係る訴訟が終局判決に辺り、その後異議申し立て、取り消し決定となる場合がある様に思えるのですが、、、
(対して、どうして商標における39条の2では取り消し決定が挙がっているのでしょうか。)
御回答よろしくお願いします。